Muzeum spravuje tři expozice: Hrádek s historií dolování a středověkým dolem, Kamenný dům s expozicí Měšťanská kultura a život v 17. - 19. století a Tylův dům s výstavou o životě a díle J. K. Tyla v jeho rodném domě.

Moderní expozice poskytuje přehled o současném i historickém vývoji společnosti. Na monitorech lze vidět výrobu tabákové směsi i cigaret, velká sbírka starých krabiček cigaret, které se v Kutné Hoře vyráběly. Celé portfolio společnosti.

Městské muzeum patří mezi nejstarší venkovská muzea v Čechách, sídlí v jednopatrové novorenesanční budově postavené přímo pro muzejní účely v roce 1884.

Skutečné zločiny a neřesti v dobách stříbrné horečky, nástroje na mučení a trestání, obrazy husitských bojů, havířské nepokoje. V autentickém prostředí sklepních prostor Vlašského dvora za doprovodu zvukové kulisy.

Postihuje mnoho aspektů alchymie. Laboratoř v podzemí a oratoř v gotické věži.

V nově otevřeném muzeu loutek v centru Kutné Hory je pro vás připravena jedinečná sbírka exponátů nazvaná "100 let zpátky do pohádky". Současná expozice je zaměřena především na loutky pohádkových postav.

Muzeum otevřené v prosinci 2008 představuje historické kočárky pro děti a panenky z let 1860 - 1960. K vidění jsou dobové předměty, vše je doplněno řadou fotografií.